В составе Центра три Института: НИИ педиатрии, НИИ профилактической педиатрии и восстановительного лечения и НИИ гигиены детей и подростков, в штате которых состоят высококвалифицированные специалисты, в том числе 1 академик РАН, 3 академика и 3 члена-корреспондента РАМН, 54 профессора, 9 заслуженных деятелей науки РФ, 8 заслуженных врачей РФ, 108 докторов и 216 кандидатов наук. Средний возраст руководителей клиник и лабораторий 40-49 лет. Сотрудники Центра неоднократно становились лауреатами премий Правительства РФ в области науки и техники.
В условиях круглосуточного пребывания (370 коек) и дневного стационара (140 коек) оказываются все виды медицинской помощи, включая специализированную и высокотехнологичную. Новые медико-организационные формы работы позволили увеличить число пролеченных больных в 2,5 раза. Создание в структуре центра НИИ профилактической педиатрии и восстановительного лечения увеличило объем консультативной и реабилитационной педиатрической помощи детям различных регионов РФ более чем в 20 раз. Объем всех видов исследований в Центре увеличился за последние 5 лет в 6,5 раз и является общедоступным для детей всех регионов РФ.
Клинические отделения НИИ: