В больнице имеется следующий профиль коек - 160 терапевтических, 100 кардиологических, 120 гематологических, 100 нефрологических, 60 пульмонологических, 180 неврологических, 258 хирургических, 25 торокальных, 170 нейрохирургических, 148 травматологических, 60 ортопедических, 125 урологических, 90 оториноларингологических, 30 радиологических, 120 гинекологических, 40 психиатрических, 150 инфекционных, 30 колопроктологических, 60 сосудистых хирургических и 20 диагностических в составе приемного отделения. В больнице имеется весь необходимый комплекс диагностической и лечебной медицинской техники,позволяющий оказывать основные виды специализированной медицинской помощи по профилям имеющихся в штате больницы отделений. Так, после введения нового лечебно-диагностического корпуса на 800 коек в больнице открыты специализированные новые отделения - нейротравматологическое, колопроктологическое, сердечно-cосудистое, ортопедическое и диагностическое при приемном отделении. Введен в строй и полностью отремонтированный урологический корпус.
Уникальной особенностью больницы является то, что почти все отделения городской клинической больницы являются клинической базой ведущих учебных и научно-исследовательских учреждений Москвы. Так, на базе подразделений больницы размещены 15 кафедр Российской медицинской академии последипломного образования и трех кафедр Московской медицинской академии им. Сеченова. Кроме того, на базе больницы расположены ряд подразделений НИИ общей реаниматологии РАМН, Научный центр акушерства и гинекологии РАМН (отделение инновационных малоинвазивных технологий), Федерального научно-клинического центра детской гематологии, онкологии и иммунологии (отделение подростковой и возрастной гематологии ), а так же Московского факультета РГМУ (кафедра патологической анатомии). Это позволяет разрабатывать и оперативно внедрять в практику работу больницы самые современные методы обследования и лечения больных. Кроме того, на базе отделений больницы постоянно проводятся усовершествования врачей из различных регионов нашей страны.
В городской клинической больнице им. С.П. Боткина в настоящее время работает около 600 врачей. Из них два академика РАЕН, восемь профессоров, 12 докторов медицинских наук и 82 кандидатов медицинских наук. Шести врачам больницы присвоено почетное звание "Заслуженный врач Российской Федерации", а двум сотрудникам - "Заслуженный работник здравоохранения Российской Федерации". Почти каждый второй врач имеет Высшую квалификационную категорию. В больнице работает так же около 1000 сотрудников из числа среднего медицинского персонала. Кроме того, необходимо отметить, что более 400 сотрудников кафедр, НИИ и Центров работают в отделениях больницы, являющихся их клинической базой, в том числе 36 профессоров и 56 доцентов.
В составе больницы работают городские центры диагностики и лечения токсплазмоза, центр эндопротезирования крупных суставов, городское гематологический центр, обеспечивающие высококвалифицированной помощью население столицы. Имеющиеся в больнице выездные бригады обеспечивают неотложной специализированной нейрохирургической и реанимационной (акушерско-гинекологической) помощами стационары города Москвы. В составе больницы имеется консультативная поликлиника на 350 посещений в сутки, в стенах которой ежегодно консультируются сотрудниками больницы, а так же профессорско-преподавательским составом кафедр около 60 тысяч больных, направляемых их различных поликлиник города. Кроме того около 22 000 больных за год получают консультацию и лечение в городском гематологическом центре, а около 12 000 - диагностику и консультации в центре диагностики и лечения токсопплазмоза. Кроме того, в штатное расписание больницы входят 4 организационно-методических отдела Департамента здравоохранения города Москвы.
На территории больницы расположено медицинское училище им. С.П. Боткина. Всего на отделениях "Сестринское дело" и "Лабораторная диагностика" обучается 635 человек. Учащиеся обучаются на государственной основе.
