Структурно Центр состоит из двух подразделений: научного и практического (клинического).
Научный сектор представлен научно-производственным отделом (НПО), состоящим из лаборатории патологической биохимии и лаборатории иммунологии, и психологической лаборатории.
Сотрудники НПО:
1) проводят исследования механизмов повреждения биомембран при интоксикации наркотическими веществами
2) разрабатывают новые методы диагностики нарко- и токсикоманий с помощью иммунологических и биохимических подходов
3) ведут исследовательскую работу по поиску новых средств лечения и профилактики больных с зависимостью от психоактивных веществ.
Психологическая лаборатория занимается разработкой программ профилактики отклоняющегося от социальной нормы поведения и разработкой программ психотерапии и реабилитации, больных с химической зависимостью на основе методов этнопсихологии и антропологии.
Научные лаборатории Центра оснащены современным медицинским оборудованием и компьютерами.
Практический сектор представлен организованной в апреле 1999 г. службой экстренной медико-психологической помощи - «телефон доверия» (ТД) - по проблемам наркоманий, деятельность которой постоянно рекламируется в средствах массовой информации. Помимо консультативной и медико-реабилитационной помощи ТД осуществляет и диспетчерскую функцию. За время работы на «телефон доверия» поступило более 5000 звонков. Около 80% обращений – консультации по поводу лечения и реабилитации больных наркоманиями. 15% обращений – по поводу раннего вы-явления и профилактики потребления наркотиков среди детей и подростков.
В целях реализации Постановлений Правительства Москвы от 04.02.2003 г. № 71-ПП «Об утверждении городской программы «Комплексные меры противодействию злоупотреблению наркотика-ми и их незаконному обороту на 2003-2005 годы» и от 29.07.2003 г. № 609-ПП «О ходе выполнения распоряжения Мэра Москвы от 20 марта 2000 г. № 297-РМ «О плане мероприятий по реализации предложений избирателей, поступивших в период избирательной компании 1999 г. по выборам Мэра и Вице-Мэра Москвы» и в целях улучшения организации наркологической помощи населе-нию приказом Департамента здравоохранения от 02.10.2003 г. № 595 в структуре Центра органи-зовано отделение «Телефон горячей линии» по оказанию психологической и консультативной по-мощи по проблемам наркомании для работы в круглосуточном режиме.
Кроме того, клинической и научной базой Центра является вся наркологическая лечебная сеть г. Москвы: наркологические больницы №№ 17 и 19, и 14 наркологических диспансеров.
Московский научно-практический центр наркологии имеет 14 филиалов по Москве.
